也许会有人说，很多案例表明使用芽孢杆菌后没有起到文中提到的降低cod的效果，反而会造成缺氧泛塘的现象。使用芽孢杆菌造成池塘缺氧主要包括以下三种情况：①连续阴雨天气，养殖池塘有机负荷较高，而且养殖池塘已处于缺氧状态，芽孢杆菌使用，短期内会消耗掉部分氧气，成为压倒骆驼的最后一根稻草；②部分养殖池塘，藻类严重老化，使用芽孢后营养竞争造成“倒藻”，死亡藻类消耗掉大量氧气造成池塘缺氧；
芽孢杆菌对土壤cd的修复机理见图1，由图1可知，芽孢杆菌对cd的修复包括：（1）cd2+通过静电吸附作用被吸附到细胞表面，与表面活性基团发生络合作用形成金属络合物；（2）cd2+与芽孢杆菌表面的ca2+、k+等阳离子发生离子交换；（3）细胞表面沉淀或吸附沉淀有利于cd2+的稳定化；（4）芽孢杆菌通过主动运输积累cd2+；（5）代谢分泌物作用，eps对cd2+的吸附作用以及有机酸对cd沉淀的溶解活化作用 。
人们常在池塘养殖鱼类中吃出一股土腥味，这种异味主要是由geosmin 和mib两种化合物引起。鱼类的土腥味常在夏季蓝藻水华时出现，颤藻、鞘丝藻、微囊藻、鱼腥藻等属种是造成土腥味的常见种类。其中微囊藻还可以产生化合物和蒜味化合物，这些物质都是藻类的次级代谢产物，它们通过鱼鳃和皮肤进入鱼体后大量富集，产生异味，严重影响养殖鱼类的销售。

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